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南京信帆生物:5羥甲基化研究背景及與疾病的關(guān)系

來源:南京信帆生物技術(shù)有限公司   2016年05月16日 21:54  

5hmC- 哺乳動(dòng)物DNA中的“第六堿基”

早在上世紀(jì)70年代,Penn等人發(fā)現(xiàn)在哺乳動(dòng)物DNA中存在5-羥甲基化胞嘧啶(5hmC)(Penn et al., 1972)。然而該發(fā)現(xiàn)并未得到反復(fù)證實(shí)(Kothari and Shankar, 1976),因而5hmC也沒有受到應(yīng)有的重視。直到2009年,Kriaucionis 和Tahiliani兩位科學(xué)家證實(shí)小鼠的Purkinje細(xì)胞,顆粒神經(jīng)元以及胚胎干細(xì)胞存在5hmC (Kriaucionis and Heintz, 2009; Tahiliani et al., 2009)。此外,在哺乳動(dòng)物的其他組織中同樣檢測(cè)到大量5hmC的存在 (Globisch et al., 2010)。其中5hmC在中樞神經(jīng)和脊髓中含量zui高(0.3-0.7%),在腎臟、鼻上皮細(xì)胞、膀胱、心臟、骨骼肌和肺部的含量居中(0.15 -0.17%),而肝臟、脾臟和內(nèi)分泌腺中的含量zui低(0.03-0.06%)。宋紅軍等人利用敏感度更高的5hmC化學(xué)標(biāo)記法對(duì)HeLa和HEK293細(xì)胞檢測(cè)發(fā)現(xiàn),5hmC大約占總核苷酸的0.001% (Song et al., 2011)。

5甲基胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?羥甲基胞嘧啶的途徑

DNA氧化損傷能產(chǎn)生各種修飾堿基,如*可被氧化成為8-氧橋*,5甲基胞嘧啶可被氧化生成5羥甲基胞嘧啶。因此,某些細(xì)胞中的5hmC很可能就是環(huán)境氧化壓力所造成的。但是Kriaucionis和Heintz的發(fā)現(xiàn)表明5hmC的存在并未伴隨有其他損傷產(chǎn)物的積累,并且Purkinje細(xì)胞和顆粒細(xì)胞中的5hmC總量與小鼠的年齡也不存在必然的(Kriaucionis and Heintz, 2009)。新近發(fā)現(xiàn)的TET蛋白家族使人們對(duì)5hmC有了更深入的了解:TET是一種能夠催化5甲基胞嘧啶產(chǎn)生5羥甲基胞嘧啶的加氧酶。TET蛋白家族有3個(gè)成員,分別是Tet1,Tet2和Tet3。它們都含有一個(gè)序列保守的C-端催化結(jié)構(gòu)域 (Ito et al., 2010; Tahiliani et al., 2009),并具有2-氧化戊二酸和2價(jià)鐵原子依賴型雙加氧酶的典型特征(Aravind and Koonin, 2001; Loenarz and Schofield, 2009)。

*圖釋:哺乳動(dòng)物DNA中的胞嘧啶種類。胞嘧啶是DNA復(fù)制的原料之一;5甲基胞嘧啶則是DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶DNMT以S-腺苷*(SAM)為甲基供體催化胞嘧啶形成的;5羥甲基胞嘧啶是在TET蛋白作用下形成的,TET利用氧分子使羥基轉(zhuǎn)移到5甲基胞嘧啶上。

5hmC的生物學(xué)作用

5hmC可影響長(zhǎng)期和短期的基因表達(dá)調(diào)控,因此在體內(nèi)可能具有重要的生物學(xué)意義。由于維持性甲基化酶DNMT1不能識(shí)別羥甲基化胞嘧啶,甲基化胞嘧啶所轉(zhuǎn)化的羥甲基胞嘧啶可能有助于DNA進(jìn)行被動(dòng)去甲基化。維持性甲基化的保真度即使只發(fā)生微弱的降低就足以導(dǎo)致多次細(xì)胞分裂的過程中CpG的甲基化水平呈指數(shù)級(jí)降低,從而實(shí)現(xiàn)被動(dòng)性去甲基化。

*圖釋:5hmC 可能的生物學(xué)功能: DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNMT)無法識(shí)別5hmC,因而5hmC在DNA復(fù)制過程中可以阻礙DNMT的維持性甲基化作用,zui終導(dǎo)致DNA的被動(dòng)去甲基化。

在光氧化實(shí)驗(yàn)或高pH條件下,5羥甲基胞嘧啶可通過去醛基產(chǎn)生胞嘧啶 (Privat and Sowers, 1996,Alegria, 1967; Flaks and Cohen, 1959),這使得在特定細(xì)胞環(huán)境中5羥甲基胞嘧啶有可能轉(zhuǎn)變?yōu)榘奏ぁR环N可能性就是5羥甲基胞嘧啶作為主動(dòng)去甲基化途徑中的一個(gè)關(guān)鍵中間體存在,而這種去甲基化途徑通常涉及到DNA的損傷修復(fù)機(jī)制(Tahiliani et al., 2009)。這種觀點(diǎn)也得到了一些證據(jù)的支持:早在1988年,cannon等人就報(bào)道了牛胸腺提取物存在特異修飾5hmC的糖基化酶(Cannon et al., 1988)。此外,還有報(bào)道表明一些DNA糖基化酶如TDG和MBD4參與了DNA去甲基化過程,但目前體外酶活性試驗(yàn)尚未證實(shí)這些酶具有催化甲基胞嘧啶的活性。除此之外,hmC可以通過脫氨基作用生產(chǎn)去甲基化過程的中間產(chǎn)物hmU。因?yàn)樵诔衫w維細(xì)胞中已經(jīng)檢測(cè)到了高活性的hmU:G的糖基化酶(Rusmintratip and Sowers, 2000)。

*圖釋:5hmC可能的生物學(xué)作用-5hmC可以被DNA修復(fù)酶識(shí)別,例如5hmC特異DNA糖基化酶(5hmC-DG)可以把羥甲基胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)榘奏?,從而引起DNA的主動(dòng)性去甲基化

作為一個(gè)潛在穩(wěn)定的堿基,5hmC也有可能通過募集5hmC結(jié)合蛋白或者排斥甲基化結(jié)合蛋白(MBPs)來影響染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和轉(zhuǎn)錄活性。而實(shí)驗(yàn)結(jié)果也確實(shí)證明了甲基化結(jié)合蛋白MeCP2無法識(shí)別5hmC (Valinluck et al., 2004)。

*圖釋:5hmC可能生物學(xué)作用- 由于5hmC不能被甲基化結(jié)合蛋白(MBD1,MBD2,MBD4,MeCP2)所識(shí)別,這樣羥甲基化修飾的DNA就不能募集組蛋白去乙?;福瑥亩梢孕纬删哂修D(zhuǎn)錄活性的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)。

5hmC在基因組的分布以及與基因表達(dá)水平的關(guān)系

基因體(gene body)上的5hmC及其與基因表達(dá)水平的關(guān)系

大量研究表明,5hmC特異性地富集在基因體上(Jin et al., 2011; Pastor et al., 2011; Song et al., 2011; Xu et al., 2011)。進(jìn)一步深入的研究發(fā)現(xiàn)基因內(nèi)部的5hmC含量往往可以表征基因表達(dá)的活性,這也與以前報(bào)道5hmC能夠促進(jìn)或維持基因表達(dá)的結(jié)論一致(Jin et al., 2011; Song et al., 2011)。在一些沒有發(fā)生實(shí)質(zhì)性去甲基化(5mC轉(zhuǎn)變?yōu)?C)的過程中,5mC轉(zhuǎn)換成5hmC可能是起到類似DNA去甲基化的作用,即可以解除5mC對(duì)基因表達(dá)的抑制效應(yīng)(Wu and Zhang, 2010)。然而,基因體5hmC的水平與基因表達(dá)高低也不是簡(jiǎn)單的線性關(guān)系,Xu等人發(fā)現(xiàn)在組成型表達(dá)的基因如看家基因的基因體上5hmC含量很低。

啟動(dòng)子區(qū)的5hmC及其與基因表達(dá)水平的關(guān)系

Song等人觀察到5hmC主要富集在如轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn),轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)和基因遠(yuǎn)端等區(qū)域的上游和下游(Song et al., 2011)。進(jìn)一步的分析揭示基因附近富含5hmC意味著這個(gè)基因表達(dá)水平較高。Ficz 等人的實(shí)驗(yàn)結(jié)果也顯示出啟動(dòng)子區(qū)5hmC的含量與轉(zhuǎn)錄水平具有明顯的正相關(guān)性。而且發(fā)現(xiàn)這種關(guān)系部分依賴于啟動(dòng)子的CpG密度。5hmC似乎可以減輕部分5mC的沉默效應(yīng),因?yàn)閱?dòng)子區(qū)含有5hmC和5mC的基因轉(zhuǎn)錄活性比啟動(dòng)子只有5mC的基因高。與這些觀察相符的是,富含5hmC的啟動(dòng)子都有組蛋白激活的標(biāo)志H3K4me3 ,而富含5mC的啟動(dòng)子缺乏H3K4me3 標(biāo)志(Ficz et al., 2011)。另外有趣的是,隨著胚胎干細(xì)胞分化,多能性相關(guān)基因包括Esrrb, Prdm14, Dppas, Klfz, TCL1 和ZFP43的啟動(dòng)子區(qū)5hmC水平顯著下降,而5mC水平卻明顯增加(Ficz et al., 2011)。

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