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一、DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術問世

2016年5月，來自美國Salk研究所的科學家們在Cell期刊發(fā)表題為“Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape”的文章（IF=28.71）。該研究開發(fā)了一項新技術：DAP-Seq（DNA親和純化測序），用于快速繪制轉錄因子調控靶向DNA區(qū)域的圖譜：順反組（cistrome）的蛋白質結合區(qū)域的景觀圖。構建完整的順反組和表觀組圖譜（epicistrome maps）是闡明生長發(fā)育、行為和疾病復雜轉錄調控網絡的重要方法。DAP-seq大大擴展了科學家們收集的關于轉錄因子及它們結合位點的信息。

DAP-Seq將蛋白質體外表達技術與高通量測序技術相結合，不需要針對每個轉錄因子制備特異性抗體，所以DAP-Seq具有快速、高通量、節(jié)約時間成本等顯著優(yōu)勢，比Chip-seq更易于擴展；DAP-Seq方法可用于所有的植物，這為科學家提供了一扇窗口，了解調控序列中的遺傳或表觀遺傳變異影響它們性狀的機制。

本研究為了檢驗DAP-Seq技術，科學家們快速繪制出了529種轉錄因子結合擬南芥基因組的位點。鑒別出了270萬個結合位點。隨后采用包含或不包含胞嘧啶甲基化的DNA重復了這些實驗。該文測試的大約四分之三的轉錄因子結合模式發(fā)生了改變。這使得科學家們能夠揭示出如果不除去甲基化，或許會漏掉的結合位點。采用這些方法，可以看到只在一部分細胞或組織中活化的結合位點。該研究不僅闡明了調控蛋白改變基因表達的機制，還揭示了表觀遺傳甲基化標記在這種調控中所起的作用。

Figure 1. Genome-wide Discovery by DAP-Seq

二、DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術完善

2017年 8月，同樣是 Salk研究所的科學家們，在Nature Protocols期刊發(fā)表題為“Mapping genome-wide transcription factor 結合位點 using DAP-seq”的文章（IF=12.423）。詳細敘述了運用DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術對全基因組轉錄因子結合位點的檢測實驗和整體流程。一個有分子生物學經驗的研究人員遵循這個方案，每周可處理多達400個樣本。

研究材料：5 μg genomic DNA，本文作者已采用DAP-seq技術，成功對擬南芥、玉米15號和人類（未發(fā)表）轉錄因子進行了檢測。

研究方法：DAP-seq

Figure 2. DAP-seq protocol overview

Figure 3. 擬南芥轉錄因子  TGA5 (AT5G06960) DAP-seq DNA 文庫檢測實驗

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客戶已發(fā)表的文章：

2024年1月25日，南京農業(yè)大學白菜系統(tǒng)生物學實驗室在Plant Physiology （IF=7.4）期刊發(fā)表了題為“ETHYLENE RESPONSE FACTOR 070 inhibits flowering in Pak-choi by indirectly impairing BcLEAFY expression”的研究成果。該文借助DAP-seq技術解析了乙烯響應因子BcERF070抑制不結球白菜開花的分子機制。

2023年11月29日，西北農林科技大學蘋果抗逆與品質改良創(chuàng)新團隊李明軍課題組在The Plant Cell在線發(fā)表了題為“The transcription factor MdBPC2 alters apple growth and promotes dwarfing by regulating auxin biosynthesis”的研究論文。該研究使用了DNA親和純化測序（DAP-seq）技術鑒定了BBR/BPC家族的MdBPC2轉錄因子的結合基序和靶基因，揭示了該轉錄因子，通過H3K27me3修飾調控蘋果生長素生物合成，從而協(xié)調蘋果的生長和植株結構的新機制。

2023年11月22日，浙江大學張波教授課題組研究成果，發(fā)表在Plant Physiology期刊上（影響因子7.4），文章題目為Transcription factor PpNAC1 and DNA demethylase PpDML1 synergistically regulate peach fruit ripening。該研究使用了DNA親和純化測序（DAP-seq）技術鑒定了PpNAC1轉錄因子的結合基序和靶基因。研究發(fā)現(xiàn)轉錄因子PpNAC1和DNA去甲基酶PpDML1協(xié)同調節(jié)桃果實中乙烯合成、果肉軟化和風味形成的分子機制。

2023年7月11日，鄭州大學與中棉所棉花生物學國家重點實驗室的研究成果發(fā)表在New Phytologist（IF=9.4，Q1區(qū)）期刊上，題目為“GhRCD1 regulates cotton somatic embryogenesis by modulating the GhMYC3-GhMYB44-GhLBD18 transcriptional cascade”。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了陸地棉GhMYC3的結合基序和靶基因。揭示了GhRCD1-GhMYC3-GhMYB44-GhLBD18轉錄級聯(lián)調控棉花SE的分子機制，為細胞全能性以及棉花基因工程研究提供了新思路。

2023年6月16日，濟南大學生物科技與技術學院李慧教授團隊的研究成果，發(fā)表在植物學領域的TOP期刊Plant, Cell & Environment（IF=7.947），文章題目為“ZmEREB57 regulates OPDA synthesis and enhances salt stress tolerance through two distinct signalling pathways in Zea mays"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了玉米中一個AP2/ERF轉錄因子的結合基序以及靶基因。揭示了ZmEREB57通過兩個不同的信號途徑調控玉米OPDA合成增強耐鹽性的分子機制，為耐鹽性植物新品種的培育提供了重要的遺傳資源。

2023年6月4日，青島農業(yè)大學草業(yè)學院宋輝教授課題組的研究成果，發(fā)表在Oil Crop Science期刊上，文章題目為Identification of the target genes of AhTWRKY24 and AhTWRKY106 transcription factors reveals their regulatory network in Arachis hypogaea cv. Tifrunner using DAP-seq。該研究使用DNA親和純化測序（DAP-seq）技術鑒定了AhTWRKY24和AhTWRKY106的結合基序以及下游基因。并結合RNA-seq數(shù)據揭示了AhTWRKY24和AhTWRKY106轉錄因子可以調控參與干旱脅迫響應的下游基因。

2023年5月29日，北京林業(yè)大學生物學院林木分子育種團隊的研究成果，發(fā)表在期刊Plant Physiology（IF=8.005），文章題目為“Allelic variation in transcription factor PtoWRKY68 contributes to drought tolerance in Populus"。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq) 技術鑒定了毛白楊轉錄因子PtoWRKY68的結合基序以及靶基因。揭示了PtoWRKY68基因等位變異通過調控ABA信號通路響應干旱脅迫的分子機制，為利用分子育種策略開發(fā)耐旱樹木新品種奠定了遺傳基礎。

2023年5月22日，河北農業(yè)大學與西北農林科技大學的聯(lián)合研究成果，在線發(fā)表在Horticultural Plant Journal 期刊(Q1區(qū)，IF=5.7)，文章題目為“Overexpression of the transcription factor MdWRKY115 improves drought and osmotic stress tolerance by directly binding to the MdRD22 promoter in apple”。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了蘋果轉錄因子MdWRKY115的結合基序和靶基因。揭示了MdWRKY115通過直接結合MdRD22啟動子增強植物對干旱和滲透脅迫耐受性的調節(jié)機制。

2023年4月13日，西北農林科技大學園藝學院王西平教授課題組在Horticulture Research(IF=7.291)在線發(fā)表了題為“Control of ovule development in  Vitis vinifera by  VvMADS28 and interacting genes” 的研究論文。DAP-seq助力該研究揭示了葡萄MADS-box基因對胚珠發(fā)育的調控機制。

2023年4月6日，中國中醫(yī)科學院中藥資源中心黃璐琦院士/袁媛研究員課題組的研究成果，發(fā)表在Frontiers in Microbiology期刊上(IF=6.064)，文章題目為“PuCRZ1, an C2H2 transcription factor from Polyporus umbellatus, positively regulates mycelium response to osmotic stress”。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了豬苓中一個C2H2轉錄因子的結合基序及其靶基因，揭示了PuCRZ1參與調控豬苓菌絲生長以及滲透脅迫耐受的分子機制。

2023年3月，北京林業(yè)大學生物學院宋躍朋教授課題組的研究成果發(fā)表在了Plant Physiology期刊上（影響因子7.4），文章題目為“Enhanced genome-wide association reveals the role of YABBY11-NGATHA-LIKE1 in leaf serration development of Populus”的研究論文。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了楊屬YABBY11轉錄因子的結合基序和靶基因。發(fā)現(xiàn)YABBY11與楊樹葉形自然變異顯著關聯(lián)，為探索理想葉形遺傳改良奠定了理論基礎。

2023年3月，華中農業(yè)大學端木德強團隊在New Phytologist期刊（IF=10.323）在線發(fā)表了題為“A transcription factor of the NAC family regulates nitrate-induced legume nodule senescence”的研究論文。該研究揭示了豆科植物百脈根中一個NAC轉錄因子在硝酸鹽誘導的根瘤衰老過程中發(fā)揮了關鍵的調控作用。

2023年2月9日，浙江大學農業(yè)與生物技術學院的最新研究成果，發(fā)表在Molecular Plant期刊上(IF=21.949)，文章題目為“Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii”。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了比克氏棉子葉GoPGF的結合基序和下游靶基因。并進一步揭示了比克氏棉色素腺形態(tài)建成的調控網絡，為培育具有特定性狀的栽培棉花新品種提供了寶貴的基因資源。  

2023年1月31日，西北農林科技大學園藝學院蘋果重點實驗室的最新研究成果，發(fā)表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005)，文章題目為“MdERF114 enhances the resistance of apple roots to Fusarium solani by regulating the transcription of MdPRX63”。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了蘋果MdERF114的結合基序和靶基因。進一步研究揭示了MdERF114正向調控蘋果根系抵御腐皮鐮刀菌侵染的分子機制，為培育抗ADR的砧木提供了寶貴的基因資源。

2023年01月03日，中南林業(yè)科技大學的最新研究成果，發(fā)表在Communications Biology 期刊上(IF=6.548)，文章題目為“The bHLH-zip transcription factor SREBP regulates triterpenoid and lipid metabolisms in the medicinal fungus Ganoderma lingzhi”。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了藥用真菌靈芝中bHLH-zip轉錄因子SREBP的結合基序和靶基因。進一步研究揭示了SREBP調控靈芝中三萜類化合物和脂質代謝的分子機制，為提高靈芝物種的GA產量提供了寶貴的基因資源。

2022年12月21日，中國農業(yè)科學院棉花研究所的研究成果發(fā)表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005)，文章題目為“A brassinosteroid transcriptional regulatory network participates in regulating fiber elongation in cotton”。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術鑒定了陸地棉中BR信號通路核心轉錄因子GhBES1.4的結合基序和靶基因。揭示了GhBES1.4介導的BR調控棉纖維伸長的網絡，為培育陸地棉優(yōu)質纖維新品種提供了寶貴的基因資源。

2022年10月，浙江大學農業(yè)與生物技術學院宋鳳鳴課題組的最新研究成果，發(fā)表在學術期刊Journal of Integrative Plant Biology（IF=9.106）上，文章題目為“The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6”。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq) 技術鑒定了水稻中轉錄因子ONAC083的結合基序和靶基因。進一步研究揭示了OsNAC083通過結合ACGCAA元件影響OsRFPH2-6轉錄，進而負調控水稻對稻瘟病的抗性。

2022年9月，中國熱帶農業(yè)科學院熱帶生物技術研究所功能基因研究組在雜志Plant Biotechnology Journal（IF=13.263）在線發(fā)表了題為 “A CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz)” 的研究論文，證實了CC類谷氧還蛋白MeGRXC3可以在轉錄和轉錄后水平調控過氧化氫酶的活性、影響過氧化氫在葉片表皮不同類型細胞中的分布，從而調控木薯對干旱脅迫的響應。

2022年8月，廣西大學農學院甘蔗生物學重點實驗室/亞熱帶農業(yè)生物資源保護與利用國家重點實驗室張木清/姚偉研究團隊在Journal of Experimental Botany（IF=7.298）在線發(fā)表了題為“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling”的研究論文，該研究發(fā)現(xiàn)了一個甘蔗新的AP2家族轉錄因子ScAIL1，通過靶向DELLA調節(jié)JA與GA合成，平衡植物生長與防御。

2022年8月，安徽農業(yè)大學、中國水稻研究所和上海市農業(yè)科學院作物育種栽培研究所在The Plant Journal（IF=5.726）期刊聯(lián)合發(fā)表了題為“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice”的文章，揭示了OsSGT1和ABI5相互作用，調控OsAPX1的表達，促進褪黑素改善種子在鉻污染條件下萌發(fā)的分子機制。

2022年8月，揚州大學生物科學與技術學院、植物功能基因組學教育部重點實驗室高勇課題組在The Plant Cell（IF=12.085）上在線發(fā)表了題為“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid”的研究論文，揭示了光敏色素互作因子（phytochrome interacting factors, PIFs）通過協(xié)調紅光和脫落酸（ABA）信號調節(jié)氣孔開度的分子機制。

2022年7月，北京市農林科學院玉米DNA指紋及分子育種北京市重點實驗室、齊魯師范大學玉米分子育種研究院的共同研究成果，在期刊Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上發(fā)表，題目為“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles”。本文主要研究內容是鑒定了玉米花青素合成相關等位基因ZmR1CQ01，并揭示了3個ZmR1等位基因的生物學功能和分子調控機制。

2022年5月，中科院植物所王雷研究組在Plant Physiology（IF=8.005）期刊上發(fā)表了題為“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance”的研究成果。該研究揭示了OsCCA1調控水稻適應鹽脅迫、干旱脅迫以及滲透脅迫的分子機制。其中，該研究使用了DNA親和純化測序技術（DAP-seq，DNA Affinity Purification Sequencing），鑒定了水稻生物鐘核心組分OsCCA1（Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1）調控的下游靶基因。

2022年2月，北京林業(yè)大學生物科學與技術學院林木育種國家工程實驗室的研究成果，發(fā)表在Frontiers in Plant Science期刊上(IF=6.627)，文章題目為“Genome-Wide Identification of Direct Targets of ZjVND7 Reveals the Putative Roles of Whole-Genome Duplication in Sour Jujube in Regulating Xylem Vessel Differentiation and Drought Tolerance”。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術分別鑒定了二倍體酸棗和同源四倍體酸棗中ZjVND7的結合基序和靶基因。揭示了ZjVND7在調節(jié)木質部導管分化和耐旱性中的潛在分子機制，為培育耐旱性植物提供了新的思路。

2021年4月29日，重慶文理學院園林與生命科學學院陳澤雄教授的研究成果，發(fā)表在植物科學領域的學術期刊Plant Science（IF=5.363）上，文章題目為“A R2R3-MYB transcriptional activator LmMYB15 regulates chlorogenic acid biosynthesis and phenylpropanoid metabolism in Lonicera macranthoides”。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq) 技術鑒定了金銀花R2R3-MYB轉錄因子LmMYB15的DNA結合基序及其靶基因。進一步研究揭示了LmMYB15調控金銀花CGA生物合成和苯丙素代謝的分子機制，該研究成果為利用基因工程策略開發(fā)富含CGA的金銀花新品種提供了寶貴的基因資源。

2020年4月，北京工商大學與藍景科信合作，Biochemical and Biophysical Research Communications（IF=3.322）發(fā)表了題為“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling”的文章，為揭示PIFs轉錄因子調控ABA信號轉導機制提供了重要線索。

2019年9月，北京林業(yè)大學和藍景科信合作，在植物學主流學術期刊Journal of Experimental Botany（IF=5.36）上，發(fā)表了題為“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance”的研究成果。該研究借助DNA親和純化測序（DNA Affinity Purification Sequencing，DAP-seq）技術，深入揭示了胡楊耐鹽的分子機制。