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DAP-seq

在基因組水平上，鑒定轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)（transcription factor binding sites, TFBS）非常重要。ChIP-seq是進(jìn)行體內(nèi)檢測(cè)TFBS的主要方法。然而，ChIP-seq依賴于抗體質(zhì)量，這對(duì)低表達(dá)的蛋白質(zhì)具有很大的挑戰(zhàn)性。所以，ChIP-seq通常在規(guī)模上受到限制，難以進(jìn)行高通量擴(kuò)展。因此，只有少數(shù)轉(zhuǎn)錄因子可以獲得結(jié)合位點(diǎn)信息，大量TFBS的覆蓋范圍僅適用于人類和一些模式生物。

DAP-seq具有與ChIP-seq同樣的功能。通過體外蛋白表達(dá)技術(shù)，表達(dá)出帶有標(biāo)簽的轉(zhuǎn)錄因子，和基因組DNA文庫在體外進(jìn)行結(jié)合，然后分離出所有與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA，再使用高通量測(cè)序，找到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)。

DAP-seq是ChIP-seq的重要補(bǔ)充方法，可以應(yīng)用于模式和非模式物種，一般來說，有參考基因組的物種都可以進(jìn)行DAP-seq，如果沒有參考基因組，數(shù)據(jù)下機(jī)之后是無法進(jìn)行數(shù)據(jù)分析的，但是可以考慮使用近緣物種的參考基因組進(jìn)行分析。

藍(lán)景科信河北生物科技有限公司 客戶發(fā)表文章：

2022年8月，廣西大學(xué)農(nóng)學(xué)院甘蔗生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/亞熱帶農(nóng)業(yè)生物資源保護(hù)與利用國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室張木清/姚偉研究團(tuán)隊(duì)在Journal of Experimental Botany（IF=7.298）在線發(fā)表了題為“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling”的研究論文，該研究發(fā)現(xiàn)了一個(gè)甘蔗新的AP2家族轉(zhuǎn)錄因子ScAIL1，通過靶向DELLA調(diào)節(jié)JA與GA合成，平衡植物生長(zhǎng)與防御。

2022年8月，安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)、中國水稻研究所和上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物育種栽培研究所在The Plant Journal（IF=5.726）期刊聯(lián)合發(fā)表了題為“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice”的文章，揭示了OsSGT1和ABI5相互作用，調(diào)控OsAPX1的表達(dá)，促進(jìn)褪黑素改善種子在鉻污染條件下萌發(fā)的分子機(jī)制。

2022年8月，揚(yáng)州大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院、植物功能基因組學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室高勇課題組在The Plant Cell（IF=12.085）上在線發(fā)表了題為“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid”的研究論文，揭示了光敏色素互作因子（phytochrome interacting factors, PIFs）通過協(xié)調(diào)紅光和脫落酸（ABA）信號(hào)調(diào)節(jié)氣孔開度的分子機(jī)制。

2022年7月，北京市農(nóng)林科學(xué)院玉米DNA指紋及分子育種北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、齊魯師范大學(xué)玉米分子育種研究院的共同研究成果，在Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上發(fā)表，題目為“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles”。本文主要研究?jī)?nèi)容是鑒定了玉米花青素合成相關(guān)等位基因ZmR1CQ01，并揭示了3個(gè)ZmR1等位基因的生物學(xué)功能和分子調(diào)控機(jī)制。

2022年5月，中科院植物所王雷研究組在Plant Physiology（IF=8.005）期刊上發(fā)表了題為“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance”的研究成果。該研究揭示了OsCCA1調(diào)控水稻適應(yīng)鹽脅迫、干旱脅迫以及滲透脅迫的分子機(jī)制。其中，該研究使用了DNA親和純化測(cè)序技術(shù)（DAP-seq，DNA Affinity Purification Sequencing），鑒定了水稻生物鐘核心組分OsCCA1（Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1）調(diào)控的下游靶基因。

2020年4月，北京工商大學(xué)與藍(lán)景科信合作，Biochemical and Biophysical Research Communications（IF=3.322）發(fā)表了題為“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling”的文章，為揭示PIFs轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控ABA信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制提供了重要線索。

2019年9月，北京林業(yè)大學(xué)和藍(lán)景科信合作，在植物學(xué)主流學(xué)術(shù)期刊Journal of Experimental Botany上（IF=5.36），發(fā)表了題為“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H±ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance”的研究成果。該研究借助DNA親和純化測(cè)序（DNA Affinity Purification Sequencing，DAP-seq）技術(shù)，深入揭示了胡楊耐鹽的分子機(jī)制。