人類SNP捕獲
myBaits Expert Human Affinities Kit用于人類基因組SNPs富集，該試劑盒與古人類種群遺傳學(xué)領(lǐng)域的專家合作設(shè)計和開發(fā)，針對古代和現(xiàn)代人類種群中已知的2M以上多態(tài)位點設(shè)計，特異性捕獲人類基因組文庫中標(biāo)志性的有效信息，提高人類種群和進(jìn)化遺傳學(xué)研究方法的分辨率。與全基因組DNA測序相比，該試劑盒大大節(jié)省測序和分析成本，在高度降解或污染的樣本中尤為明顯。
產(chǎn)品特點
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專家設(shè)計 – 捕獲位點由人類基因組學(xué)行業(yè)專家鑒定
· David Reich et al. (哈佛醫(yī)學(xué)院)
· Pontus Skoglund (克里克研究院)
· Yassine Souilmi et al. (澳大利亞古DNA研究中心)
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靶向位點多 – 靶向人類種群 2M 以上多態(tài)位點，富含標(biāo)志性有效信息
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樣本類型廣 – 配方經(jīng)優(yōu)化，現(xiàn)代/化石/降解/法醫(yī)DNA樣本均適用
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應(yīng)用靈活 – 兼容各種測序平臺和建庫方案，并可提供全流程服務(wù)
產(chǎn)品組成
myBaits Expert Human Affinities kit有三款panel供您選擇：
| myBaits Expert Human Affinities Kit | 所含探針模塊 | |||
| Prime 1240K | Ancestral 850K | Y Chr 46K | Mito Trio | |
| Complete | √ | √ | √ | √ |
| Prime Plus | √ | √ | √ | |
| Ancestral Plus | √ | √ | √ | |
Prime 1240K模塊
該模塊發(fā)表于2015年(Mathieson et al., Nature)，經(jīng)典研究方法，已有超過99篇文獻(xiàn)引用
– 包含1.15M常染色體位點，49K X染色體位點，33K Y染色體位點
– 這些位點在眾多現(xiàn)代和古代類群中都呈現(xiàn)多態(tài)性
– 有大量公開的研究數(shù)據(jù)：
Allen Ancient DNA Resource (AADR): Downloadable genotypes of present-day and ancient
DNA data | David Reich Lab (harvard.edu)
Ancestral 850K模塊
包含830K常染色體位點和20K X染色體位點
– 從Simons基因組多樣性項目 (SGDP)中篩選的全新位點
– 用幽靈血系（archaic humans）作為外類群，來確認(rèn)顛換突變（Transversions)
– 減少現(xiàn)有人類SNPs方案中確認(rèn)偏倚的影響，減少群體遺傳學(xué)推論的偏倚
– 減少其他數(shù)據(jù)集普遍存在的系統(tǒng)性過度分化非裔群體和非非裔群體的現(xiàn)象
Y Chromosome 46K模塊
– 從國際遺傳家譜學(xué)會(ISOGG)開發(fā)的數(shù)據(jù)庫中篩選的位點
– 包含全部目前已發(fā)現(xiàn)的Y染色體SNPs
– 提高群體內(nèi)部和群體之間父系關(guān)系的分辨率
Mito Trio模塊
– 探針覆蓋了三個不同的線粒體基因組:
·Revised Cambridge Reference Sequence(rCRS)
·Reconstructed Sapiens Reference Sequence(RSRS)
·Neanderthal(Vindija, Green et al. 2008, Cell)
– 比例恰當(dāng)，減少過度富集
產(chǎn)品列表
| 產(chǎn)品貨號 | 產(chǎn)品名稱 |
| 351016 | myBaits Expert Human Affinities Kit - Complete, 16 Rxn |
| 351048 | myBaits Expert Human Affinities Kit - Complete, 48 Rxn |
| 351096 | myBaits Expert Human Affinities Kit - Complete, 96 Rxn |
| 352016 | myBaits Expert Human Affinities Kit - Prime Plus, 16 Rxn |
| 352048 | myBaits Expert Human Affinities Kit - Prime Plus, 48 Rxn |
| 352096 | myBaits Expert Human Affinities Kit - Prime Plus, 96 Rxn |
| 353016 | myBaits Expert Human Affinities Kit - Ancestral Plus, 16 Rxn |
| 353048 | myBaits Expert Human Affinities Kit - Ancestral Plus, 48 Rxn |
| 353096 | myBaits Expert Human Affinities Kit - Ancestral Plus, 96 Rxn |
試劑盒的性能數(shù)據(jù)
參考基因組偏倚小
在各種地質(zhì)年代樣本中100K到1M的SNPs里，在雜合位點上幾乎不存在參考基因組偏倚。
數(shù)據(jù)顯示，在各種各地質(zhì)年代測試樣本的1000多個假定雜合位點上，沒有實質(zhì)性參考基因組偏倚。每個雜合位點至少有10x數(shù)據(jù)覆蓋率。SNPs分析參數(shù)見Günther & Nettelblad 2019(PLoS Genetics)。
穩(wěn)健的親緣關(guān)系信號
myBaits Expert Human Affinities Prime Plus在6組古代DNA樣本中穩(wěn)定捕獲的位點所揭示的種群結(jié)構(gòu)信息，與文獻(xiàn)報道的其他技術(shù)合成的1240K捕獲數(shù)據(jù)的結(jié)果高度相似。種群定義參見IGSR: The International Genome Sample Resource。
性能評估
為了評估試劑盒的性能，本實驗富集了17個古人類樣本（dsDNA 或 ssDNA 建庫）和1個現(xiàn)代人類基因組 DNA 樣本文庫。每個文庫測序約 30M reads。測序數(shù)據(jù)比對到GRCh37/hg19參考基因組，覆蓋的SNPs位點按照Wang et al.2019(Nature Communications)的流程繪制表格。
在各組樣本中，穩(wěn)定捕獲百萬以上有效SNPs
實驗結(jié)果顯示，超過1.6M的目標(biāo)位點得到明顯富集。下表統(tǒng)計了在全部18個樣本(17個古代，1個現(xiàn)代)中均有富集的SNPs數(shù)量。
| 試劑盒模塊 | SNPs總數(shù) | 轉(zhuǎn)換 | 顛換 |
| Prime | 1,027,178 | 793,601 | 233,577 |
| Ancestral | 619,079 | 0 | 619,079 |
| Y Chromosome | 38,369 | 24,117 | 14,252 |
與各種古代DNA文庫的兼容性
下表數(shù)據(jù)顯示，4個不同年代、不同內(nèi)源性DNA含量的古代DNA樣本，用myBaits Expert Human Affinities Complete試劑盒富集測序后鑒別到的SNPs數(shù)量。
| 樣本年限(YBP) | 地理來源 | 富集后的on-target率 | 富集到的目標(biāo)SNPs數(shù)量 |
| 8,000 | Africa | 47.3% | 916,221 |
| 6,000 | Iberia | 46.6% | 1,007,370 |
| 3,000 | Levant | 31.8% | 690,307 |
| 3,000 | Mesoamerica | 10.7% | 163,206 |
注：影響On-target效率的因素很多，除了樣本年代，樣本所處的環(huán)境，提取方法等等都會影響最終的效果，但是總的原則是樣本完整性越好效率越高。
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