實驗流程
1.試劑準備
1.1.實驗前應用力振蕩幾次預分裝深孔板,避免液體殘留在封口膜上。檢查溶液是否有沉淀,磁珠是否能重懸。
2.操作步驟
2.1.根據(jù)不同樣本類型選擇對應步驟進行處理
A.病毒、支原體、衣原體類核酸提取:取200~300 μL液體樣本、20 μL蛋白酶K直接加至預分裝深孔板第1/7列的孔中,按照步驟2.4操作直接上機提取,無需進行前處理。
B.非真菌類、易裂解微生物核酸提取:取350~400 μL液體樣本至研磨管中,加入40 μL裂解加強液、20 μL蛋白酶K,高速渦旋1分鐘混勻。
?易裂解細菌:革蘭氏陰性菌如大腸桿菌、流感嗜血桿菌、嗜肺軍團菌、百日咳桿菌等。
C.真菌類、難裂解微生物核酸提?。喝?50~400 μL液體樣本至研磨管中,再加入40 μL裂解加強液、20 μL蛋白酶K,在渦旋儀最大轉速渦旋30分鐘或轉移至震蕩破碎儀高速研磨樣本10分鐘(不同品牌震蕩破碎儀,請選擇儀器推薦程序)。
?真菌:白假絲酵母菌、熱帶假絲酵母菌、黃曲霉、青霉菌。
?難裂解細菌:革蘭氏陽性菌如葡萄球菌、霉菌、肺炎鏈球菌等。
注意事項:
?拭子類保護液可能含有高濃度胍鹽,會與裂解加強液反應導致提取效果不佳;如確需提取該類樣本,無需加入裂解加強液,步驟2.1處理完后,按照步驟2.4繼續(xù)操作。
?全血樣本:如臍帶血,骨髓血這些細胞含量高的全血,提取過程中可能會出現(xiàn)磁珠殘留或顏色殘留,建議將樣本用生理鹽水或PBS稀釋后再進行核酸提取,或聯(lián)系廠家推薦其它試劑和方案。
?痰液樣本:提取過程中容易出現(xiàn)磁珠殘留,建議將樣本用生理鹽水或PBS稀釋后再進行核酸提取。
2.2.轉至水浴鍋或干式恒溫儀中,70℃溫浴20分鐘進一步裂解樣本,裂解后取出渦旋混勻30秒。
2.3.若裂解后溶液出現(xiàn)渾濁,10,000×g離心1分鐘;若裂解后溶液清澈透明,瞬時離心30秒即可。
備注:如木霉菌等真菌離心后上清有顏色,可額外購買我司沉淀液SPS,按以下流程操作:取300 μL離心后上清到新的離心管中,加入100 μL沉淀液SPS混勻后,4℃冰浴10分鐘,10,000×g離心3分鐘后取上清上機。
2.4.對于32通道全自動核酸提取儀 (儀器型號:Mypure 32)
2.4.1.把預分裝深孔板平放于桌面,輕輕拍打幾下讓孔壁上的液滴滴回孔中,小心去除封口膜。
2.4.2.吸取200~300 μL步驟2.3的上清溶液,加入預分裝深孔板第1/7列的孔中,小心吸取,避免吸到沉淀或玻璃珠,每塊預分裝深孔板可以處理16個樣本。
2.4.3.將深孔板放入核酸提取純化儀的底座卡位上,在磁棒套卡槽中插入8聯(lián)磁棒套,選擇“病原微生物總核酸提取”程序,依次點擊打開-準備運行進行提取。
注意:即使只提取1個樣本,也需要裝上2個8聯(lián)磁棒套,以避免磁棒直接接觸試劑。
注意:保持深孔板以第1列在左,第12列在右的方向放入底座卡位,如放置錯誤,無法獲得核酸。
2.4.4.提取的核酸在第6/12列的孔中,如果不立即使用,請轉移至1.5 mL無菌無核酸酶的離心管中,存儲于-15~-25℃,長期保存請放置于-70℃或更低的溫度。
注意:在進行下游PCR或QPCR檢測前,對于雙鏈RNA病毒如輪狀病毒、傳染性胰壞死病毒、傳染性法氏囊病病毒、果蠅的X病毒、雙瓣軟體動物的Tellina病毒(TV)和牡蠣病毒(Oyster virus,OV)等,建議先將雙鏈RNA經(jīng)90℃變性5分鐘后,迅速降溫至4℃,再進行逆轉錄及后續(xù)PCR。