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DAP-seq與RNA-seq聯(lián)合分析助力揭示AvERF73參與調控低氧應答和甲羥戊酸途徑

來源:藍景科信河北生物科技有限公司   2024年04月24日 11:17  

澇害Waterlogging是長期陰雨或暴雨后,由于地表積水,地面徑流不能及時排除,積水深度過大,時間過長,造成作物根部氧氣不足,并產(chǎn)生乙醇等有毒有害物質,從而影響作物生長,甚至造成作物死亡,造成農(nóng)業(yè)減產(chǎn)的災害。

獼猴桃(Actinidia chinensis Planch)也稱奇異果,原產(chǎn)于中國。目前已經(jīng)躋身于世界主流消費水果之列。獼猴桃可以預防老年骨質疏松,防治動脈硬化,改善心肌功能,防治心臟病,也能對抗癌起作用。

2024年2月2日,中國農(nóng)業(yè)科學院鄭州果樹研究所果樹生長發(fā)育與質量控制重點實驗室的研究成果,發(fā)表在Horticultural Plant Journal期刊上(IF=5.7),文章題目為“AvERF73 positively regulates waterlogging tolerance in kiwifruit by participating in hypoxia response and mevalonate pathway” 。該研究使用DNA親和測序(DAP-seq)技術和轉錄組測序(RNA-seq)技術揭示了AvERF73通過參與低氧應答和甲羥戊酸途徑,正調控獼猴桃的耐澇性。

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1.對AvERF73進行序列分析

作者在A. valvata KR5中鑒定出一個受洪澇誘導的ERF-VII基因,命名為AvERF73。隨后,作者檢測了AvERF73在不同組織中的表達情況,發(fā)現(xiàn)其在根系中的含量最高。系統(tǒng)發(fā)育樹分析顯示,AvERF73與AcERF74的蛋白序列相似。蛋白序列分析顯示,AvERF73含有一個AP2保守結構域,這個結構域含有Ala14和Asp19保守位點,說明AvERF73屬于ERF轉錄家族。之后作者將AvERF73與GFP融合表達,并在細胞核中檢測到GFP熒光,證明AvERF73定位于細胞核中。

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111.png2.在擬南芥中過表達AvERF73提高了擬南芥的耐澇害能力

為研究AvERF73基因的功能,作者在擬南芥中過表達AvERF73基因,進行澇脅迫,發(fā)現(xiàn)過表達植株比WT植株更耐澇害,證實了AvERF73的過表達增強了擬南芥的耐澇害能力。

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3.過表達AvERF73增強了獼猴桃的耐澇害能力

為進一步證實AvERF73在獼猴桃中的作用,作者利用“紅陽”獼猴桃葉條外植體轉化獲得了兩個過表達的獼猴桃品系OE53和OE65。澇脅迫后, 與過表達品系相比,WT植株出現(xiàn)了明顯的葉片枯萎癥狀,葉綠素水平降低,根部H2O2和MDA含量升高,而過表達品系生長良好。表明AvERF73在應對澇脅迫方面發(fā)揮著有益的作用。

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4.轉錄組分析鑒定AvERF73調控的基因

為了更好地探究AvERF73在澇脅迫下的分子機制,作者對OE53和WT植株進行轉錄組測序(RNA-seq)。qRT-PCR檢測和相關性分析均表明轉錄組數(shù)據(jù)準確可靠。結果分析發(fā)現(xiàn),在澇脅迫下,與WT植株相比,OE53植株的上調基因在“cellular response to hypoxia”途徑顯著富集,這些低氧應答基因(HRGs )包含很多轉錄因子,例如LOB,WRKY,鋅指蛋白和NAC。,此外,上調基因在萜類化合物和甾醇生物合成過程也顯著富集,并且編碼MVA途徑關鍵酶的基因表達上調。由此推測AvERF73可能調控HRGs的表達,同時激活MVA通路積累萜類化合物和甾醇來應對澇脅迫。

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5.全基因組范圍內鑒定AvERF73的靶基因

為了鑒定AvERF73調控的靶基因,作者以OE53和WT植物的根部為材料進行了DAP-seq。兩次重復共鑒定到3744個基因,同時鑒定到AvERF73結合的GCC-box (‘GCCGCC’) motif。隨后作者將DAP-seq與RNA-seq數(shù)據(jù)聯(lián)合分析,找到了16個上調的AvERF73 可能直接靶向基因(DTGs)并進行重點關注。

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6.AvERF73直接參與缺氧應答和MVA通路提高獼猴桃的耐澇漬能力

為了進一步揭示AvERF73的潛在DTG。Venn圖分析發(fā)現(xiàn),在"cellular response to hypoxia"和MVA途徑中,AcNAC022和AcHMGS1基因為AvERF73的潛在DTGs。Dual-Luc實驗發(fā)現(xiàn)AcNAC022和AcHMGS1與AvERF73蛋白呈正相關關系。據(jù)此推測,AvERF73調控了AcNAC022和AcHMGS1的表達。

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小結

結果表明,AvERF73是獼猴桃耐澇性的重要調節(jié)因子。一方面,過表達AvERF73可以激活AcNAC022的表達,以應對澇脅迫引起的缺氧。另一方面,過表達AvERF73可能通過直接激活AcHMGS1表達來調節(jié)合成萜類化合物和甾醇的MVA途徑。然而,AvERF73與AcNAC022和AcHMGS1的相互作用調控獼猴桃耐澇能力的機制有待進一步探索。本研究結果為研究獼猴桃耐澇調控網(wǎng)絡提供了候選基因和新思路。


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